Sekolah Tinggi Ilmu al-Qur’an (STIQ) An Nur Yogyakarta berlokasi di kompleks Pondok Pesantren An Nur Ngrukem, Pendowoharjo, Sewon, Bantul, Yogyakarta. STIQ An-Nur secara resmi berdiri pada pada tahun 2002 dengan SK  Dirjend Pendis No. Dj-II/356/2002 yang diresmikan langsung oleh Menteri Agama R.I. Prof. Dr. Sa’id Aqiel Husein Al-Munawwar, dengan pembuka dua program studi yaitu Prodi Tafsir dan Hadits (TH) dan program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI).

Keberadaan STIQ An-Nur merupakan penyempurna dari lembaga-lembaga yang ada di lingkungan Yayasan Al-Ma’had An-Nur, yang menyelenggarakan pendidikan non formal dan pendidikan formal. Dalam bentuk non formal, Pesantren AnNur mengelola pendidikan dan pengajaran berupa: Tahfidzul Qur’an, Qiro’ah Sab’ah dan Madrasah Taman Pendidikan Al-Qur’an. Sedangkan bentuk pendidikan formal di lingkungan Ponpes AnNur meliputi: Madrasah Diniyah Salafiyah al-Furqon, yang didirikan pada tahun 1986, Madrasah Tsanawiyah (MTs) AlMa’had AnNur berdiri pada tahun 1994, Madrasah Aliyah Umum (MAU) AlMa’had AnNur berdiri tahun 1997, Madrasah Aliyah Keagamaan (MAK) AlMa’had AnNur yang didirikan pada tahun 1999 dan STIQ AnNur yang didirikan pada tahun 2002.

Yayasan Al Ma’had AnNur sekarang memiliki santri sebanyak 3000 orang dan mempunyai alumni yang tersebar dari berbagai propinsi di Indonesia, yang meliputi; 60 % santri berasal dari Jawa, yaitu DIY, Jawa Tengah, Jawa Timur, Jawa Barat dan DKI Jakarta, sedang yang 40 % santri berasal dari luar Jawa meliputi Sumatra, Kalimantan, Sulawesi, Nusa Tenggara Barat dan Nusa Tenggara Timur.

Berdirinya STIQ An-Nur merupakan salah satu dinamika pesantren dalam menyikapi tuntutan zaman akan hadirnya sebuah institusi  pendidikan Tinggi Islam yang memiliki ciri khas al-Qur’an (mengambil kompetensi unggulan Tahfidz al-Qur’an dan Qiro’ah Sab’ah), serta memadukan khazanah keilmuan  klasik Islam ’ala pesantren dengan keilmuan modern.

Dalam perjalanan selama 12 tahun, STIQ An-Nur telah memantapkan pondasi untuk pengembangan perguruan tinggi ini menjadi lebih baik dan berkualitas, baik dalam bidang pendidikan dan pengajaran, penelitian dan pengabdian, manajemen mutu akademik dan non akademik, serta pemenuhan sarana-prasarana. Oleh karena itu, saat ini secara resmi STIQ An-Nur berubah status menjadi Institut Ilmu Al-Qur’an (IIQ) dengan SK  Dirjend Pendis Nomor 1925 Tahun 2017. Dan memiliki Enam Program Studi, yaitu: Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI), Prodi Pendidikan Guru Madrasah Ibthidaiyah (PGMI), Prodi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (IAT), Prodi Ilmu Hadits (ILHA), Prodi Ekonomi Syariah (ES), dan Prodi Perbankan Syariah (PS).